La construction du couvent débuta selon les plans de l'architecte d'origine française, Santiago Raon, suivant le souhait exprimé par la Mère María Paula de Jésus Aguirre et Gamarra, native d'Estella, fondatrice qui professait dans le couvent que l'ordre avait dans la localité d'Agreda à Soria. Le couvent d'Estella imitant celui d'Agreda, fut inauguré le 25 novembre 1731, presque cinquante ans plus tard de commencer sa construction. La façade de l'église se compose de trois corps de hauteur variable, surmontée d'un fronton, reproduisant les formes créées par l'architecte carmélite frère Albert de la Mère de Dieu, au cours de la première moitié du XVIIe siècle, faisant l'objet d'une large diffusion à partir de la construction du couvent de l'Incarnation de Madrid. L'église présente une unique nef à trois travées, un transept débordant et un chevet droit. Sa toiture se compose d'une voûte en berceau à lunettes et demi-orange sur pendentifs au niveau de la travée centrale de la croisée du transept. L'intérieur est décoré de retables avec des formes du baroque tardif, comme celui consacré à la Vierge du Pilar, taillé en 1730 par Lucas de Mena, ou celui de Saint Antoine. Le retable de San Miguel, plus moderne, est de style néogothique, bien que l'image de l'archange Saint Michel que renferme sa niche, date du XVIIIe siècle. Le retable du chevet provient de l'église San Pedro de Lizarra ; une œuvre de l'atelier d'Estella appartenant à la famille des Imberto, des artistes de la deuxième moitié du XVIe siècle et du début du XVIIe siècle.