Elle est située dans la Zone Moyenne occidentale de Navarre, juste au centre de la Merindad qui porte son nom. Elle s'étend sur 1 539 hectares (15,39 Km²) et se trouve à 44 kilomètres de la capitale de Navarre La commune est située sur un grand méandre de la rivière Ega qui se fraye un chemin entre les montagnes qui l'entourent (Montejurra, Peñaguda, Cruz de los Castillos, Santa Bárbara et Belastegi).
Elle est limitée à l'ouest par la commune d'Ayegui, au nord par Allín, au nord-est par Yerri, à l'est par Villatuerta et au sud par Aberin.
Estella-Lizarra est entourée de sites d'une grande importance tant pour la beauté de son paysage que pour son patrimoine monumental. Urbasa, Andia, Lokiz, Monastère d'Iranzu ou Iratxe, etc.
En ce qui concerne la climatologie, celle-ci est méditerranéenne, avec une température moyenne annuelle de 13 ºC et une moyenne de précipitation annuelle de 570 mm. En hiver, les gelées sont souvent courantes.
Le Chemin de Saint-Jacques-De-Compostelle a marqué considérablement la ville, fort d'un grand patrimoine artistique aussi bien quant à bâtiments qu'en sculptures, notamment de nature religieuse, avec une prédominance de l'Art roman et gothique.
Elle dispose de bonnes liaisons avec les capitales de provinces les plus proches, notamment la voie express Autovía del Camino (A-12) récemment construite et qui communique Estella-Lizarra avec Pampelune et Logroño.
