1085ean, basilikak orain hartzen duen tokian irudi bat agertu zen, Puyko Andre Maria izena jaso zuena. Basilika errege-patronatua izan zen eta Espainiako erregeek gorde zuten 1895era arte, urte horretan erregina erregeordeak horri uko egin baitzion Iruñeko apezpikuaren mesederako. Gaurko eraikinak aurreko bat ordezkatzen du, horrek gurutze latindar oinplanoa zuen, burualde zuzenarekin eta horri ganbaratxo txiki bat eransten zitzaion. Gaur egun ikusten dugun basilikaren eraikuntza 1929an hasi zen, Victor Eusa arkitektoaren proiektu eta zuzendaritzapean. Geroago, 1949an, arkitekto berak hasierako planoaren birmoldaketa bat burutu zuen, 1951 urtean obra amaituz. Eliz ataria eta horren aurrean dagoen patioa XVIII. mendekoak dira. albo batean Jeneralen Aretoa dago, horretan jeneral karlistak egon baitziren baita ere karlista zen Maroto jeneralak fusilatu baino lehen, 1939an. Forma neogotikoak dituen eraikinak izarra formako oinplano baten gainean altxatzen da, Birjinaren agerpenaren jatorria oroitaraziz. Andre Maria eseriaren irudia da, XIII. mendeko azken herenean datatua, zurez egina eta zilarrez estalia.